tervezése molekulák
Igor Hmelkov
Ugyanezek anyagok MS Word formátumban, akkor vegye fel wetware oldalon.
Ez a rész leírja, hogyan kell építeni egy új DNS-molekula. Ami a Vector NTI, design - a létrehozása egy teljesen előre meghatározott molekuláris fragmentumok, amelyeknek kombinációja határozza meg a felhasználói program.
Építése DNS-molekulák úgy végezzük a következő séma szerint:
- A kiválasztás és leírás a molekula fragmensek;
- Készítsen egy listát a fragmentumok leírja a cél molekula (Cél Molecule Definition List);
- Felhívás a megfelelő eszköz, és a tényleges építési molekula.
DNS-molekula lehet össze a különböző típusú fragmensek - fragmensek a meglévő molekulák, linkereket, adapterek, stb Sok a munka építése a molekulák - a meghatározása a fragmentumok leírását kapcsolókat és adaptereket lényegesen kevesebb időre. Szerencsére, mint egy része a Vector NTI egy speciális eszköz - Master töredékek (fragmentum Wizard), aki „kezeli” a felhasználót a folyamat leírja az új fragmentum és biztosítja a gyors és átlátható eljárást.
Amellett, hogy a tervezéstől, a Vector NTI eszközöket létrehozni, és egy új molekula az adatbázisba, van számos lehetőség, többek között:
- Leírás molekulák importált GenBank, EMBL, FASTA;
- A leírás, a molekula lehet használni szekvencia bármilyen szöveges fájlt;
- A molekula lehet tervezni a szabályok szerint épített Vector NTI biológiai ismereteket.
Molekulák, amelyek összeállított töredékek, tekintve a Vector NTI nevű manipulált molekulák. Molekulákat importált vagy húzott manuálisan nevezett bázis molekulák meg vannak írva az adatbázis egészével szemben valami tervezett molekulák, amelyek együtt közös írt adatok az információkat a kiindulási töredékek.
Tehát a feladat -, hogy hozzon létre egy új molekula alapú klónozás a tetraciklin rezisztencia gén pBR322 pUC19, EcoRI és Aval restrikciós helyek pBR322 EcoRI és Smal pUC19.
Nyissa meg a Display Window
Nyissa meg a Display ablak pBR322 és pUC19. Ehhez a program futtatásához Vector NTI, Database Explorer ablak automatikusan megnyílik (ez is elérhető a futó program az ikonra kattintva). Mi választjuk ki egy bázis DNS / RNS-molekulák adatok (MAIN) és egy listát a molekulák találni pBR322 és a pUC19. A molekulákat kell kattintani (egy kattintás), míg a Ctrl. Ezután a DNS / RNS válassza a Megnyitás lehetőséget a menüből. A program nyitja meg egy kijelző ablak minden molekulára.
Maximalizálása két ablak (a gomb a jobb felső sarokban), és a tanfolyam látni fogjuk csak egy kijelző ablak (a pBR322), és a második rejtett lesz. Váltás az ablakok között az Ablak menü segítségével parancsokat a program Vector NTI. Csökkentse a szövegmezőbe az egyes ablakokban, és növeli a grafika, hogy a megjelölés az ingatlanok és védjegyek tisztán látható volt.
Most már folytassa a meghatározó cél molekula.
Határozza meg az első fragmentum
Az első fragmentum áll szinte teljesen a pUC19-molekula. 5 „vége a fragmens megfelel a Smal-helyet és 3” - restrikciós hely EcoRI.
Aktiválása pUC19 Display Window. Teszi a grafikus rész az aktív ablak (egy kattintás a grafikus része, vagy kattintson a megfelelő ikonra).
Most nyomja meg az Add fragmentum Molecule cél List gombra.
Ez megnyit egy párbeszédpanelt töredék Wizard. Töredék Wizard - sorozata párbeszéd panel leíró releváns felhasználói műveleteket kell végezni, hogy meghatározzák a töredék. Ha véletlenül a folyamat meghatározó hibát vét, akkor lehet, hogy menjen vissza az előző lépések (nyomja meg a Vissza gombot). Megjegyezzük, hogy a varázsló ablakok nem modális, és tudjuk folytatni a munkát Display w i ndow, mozgó panel a varázsló, úgy, hogy nem szükséges a számunkra beárnyékolta restrikciós helyek.
Az első panel a varázsló, válassza az Építési töredék és kattintson a Tovább gombra.
Kövesse a varázsló panelt, hogy meghatározzák a 5 „végén az új szegmens. Kattintson a címkén restrikciós hely SmaI (a grafikus ablakban). Koordináták és az oldal neve automatikusan újraírni a varázsló. Ismét kattintson a Tovább gombra.
A következő lépés - meghatározása 3 „vége a fragmens. Szitál Hold gomb, kattintson a címkén az EcoRl hely. Információk a restrikciós hely, valamint az előző esetben átírható a megfelelő mezőkbe Wizard panel. Ez az utolsó panel a varázsló (Next gomb le van zárva), ezért kattintson a Befejezés gombra.
Ez új töredék window leírja az alapvető paramétereket a töredék a töredék javasolják felvenni a listára.
Ha rákattint a Felvétel a listára kulcsfontosságú szegmens kerül majd a molekula cél listán. Ha az ötlet a töredék az információ helytelen, azt fel lehet függeszteni a Mégse gombra kattintva, ebben az esetben, akkor vissza a mester számokat.
Adjuk meg egy második fragmentumot
Ablak menü segítségével, lépjen pBR322. Tedd aktív grafikus része az ablakot, és kattintson a Hozzáadás fragmentum Molecule Cél lista ikon. Ez megnyitja a töredék Wizard újra. Mozgás Wizard panel úgy, hogy az látható oldalak EcoRI és Aval.
Az első panel a varázsló, válassza Építőipari töredék opciót (ez már ki van jelölve az alapértelmezés). Ezután válassza EcoRI hely az 5 „végén a töredék.
Nyomja meg a gombot a következő, és tartja a gombot a billentyűzeten szitál határozza Aval restrikciós helyet a 3 „végén.
Ha megnyomja a Befejezés gombra ismerős lesz nekünk üzenetet az új fragmentum. Add hozzá ezt a fragmentum a listához. Most a második töredék a molekula eredményük az Molecule Cél listában.
Ellenőrizze a lista töredékek
Rákattintok a molekula cél lista ikonra a fő eszköztáron Vector NTI.
Ez hozza létre a párbeszéd panel építésű Molecule. Ahogy látható, a lista tartalmazza a két meghatározott kontakt, töredék.
Írja általános információt az új molekula
A Név: ahelyett NEWMOL adja meg a nevét egy olyan molekula, mint a My Molecule.
Rákattintok a General Info gombot, és adja meg a következő a megnyíló ablakban
- A Leírás mezőben, írunk „My molekula # 1”;
- Kevesebb extra kromoszóma replikáció válasszuk zászló „baktériumok”;
- Kevesebb Replikon Type válassza zászló „plazmid”;
- A Kulcs szavak beírását egy név vagy, és kattintson a Hozzáadás gombra (ez szükséges ahhoz, hogy akkor lehetne találni a „alkotás” egy közös adatbázis).
Az OK gombra kattintva visszatérhet a panel építésű Molecule.
Ügyeljen arra, hogy a kapcsoló felett található rész a molekula töredékek. Ezek lehetővé teszik, hogy kiválassza a kezdete egy új molekula. Az első rész a molekula a listában elő a programot egy fragmense „címzett” a molekula. Így például a kiindulási molekula közül választhat retspipientny fragmens vagy kiválaszthat egy speciális koordináták kezdőpontjával. Mi választjuk címzett indítása, ebben az esetben a kezdete egy új molekula, hogy egybeessen a kezdete az első fragmentum (pUC19).
Próbáljuk építeni egy olyan molekulát
Construct nyomja meg a gombot a jobb felső sarokban a Construct molekula. Először is, a program meg fogja kérdezni minket, hogy válassza ki az adatbázisból az új molekula. A megfelelő mezőbe írja be, például a „My alap” és az OK gombra. A program azt mondja, hogy az adatbázis az azonos név nem létezik, és felajánlja, hogy létrehozza azt. Mi választ igenlő.
A folyamat során a tervezése molekulák Vector NTI észleli, hogy a bal oldali vége fragmentum # 1 (a helyszínen Smal) nem hasonlíthatók össze a jobb oldali végén fragmens # 2 (AvaI-hely). Ennek eredményeképpen kaptunk egy értesítést a Vector NTI, hogy nem tudja befejezni a folyamatot.
Ez azért van, mert a „tompa” vég fragmentumát a pUC19 (5 „) nem lehet társítva»ragadós«végű fragmentet a pBR322 (3”). Szükséges, hogy módosítsa a végeket, úgyhogy ennek eredményeként közeledtek egymáshoz.
Meg kell módosítani a Aval helyén képező jobb végén a pályán. Nyomja meg a Jobb Terminus - panel megnyílik megfelelő kifejezés inus (Terminus Editor).
Vector NTI „képes” elvégzésére három egymást követő biokémiai műveleteket egy töredék végén, de ez alkalommal, meg kell csak egy művelet - a befejezése a ragadós vége Aval oldalon. Mi választjuk ki a felső legördülő listából teljesen kitöltve szakaszok.
Most nyomja meg az OK gombot a sorozat Terminus szerkesztő és a töredék szerkesztő. Ismét lesz a fedélzeten Construct Molecule. Én kattintson a gombra Construct és igenlő választ adott a használata My bázis bázis és az a tény, hogy a tájékoztatás a molekula az adatbázisban kell újraírni (felülírás). Vector NTI áttekinti a molekula, és ezúttal azt írja, hogy az adatbázis, minden gond nélkül.
Meglátjuk, mi történik
Miután létrehozott egy új molekula rekord információt az adatbázisba Vector NTI nyit neki kijelző ablak. Mi található a kép a molekula TC (R), és vegye figyelembe, hogy nem vezetnek be funkcionális és restrikciós térkép a kezében, mindezt a program automatikusan generált.
Ügyeljen arra, hogy a szöveg ablaktábla megjelenítése a Windows. Úgy tűnt, a „Component Töredékek” mappát a leírás a molekula. Ebben a mappában, látni fogjuk, két mi töredék.
Összegyűjtöttük molekula, amely meghatározza a szükséges restrikciós helyeket és biokémiai műveletek klónozására fragmentumot pBR322 pUC19. Ilyen munka alapján a felhasználó által megadott paraméterek szempontjából Vector NTI nevű tervezése. Ugyanez a művelet klónozás, utána a mozgás a TC (R) a pBR322-ből a pUC19-be, el lehet végezni anélkül, hogy oldalakat és biokémiai műveleteket. Mindez lehet tölteni Vector NTI, ez a fajta munka szempontjából programtervezés nevezett molekulák, azonban a fenti eljárás túlmutat ennek a szakasznak.
Ugyanezek anyagok MS Word formátumban is felvette a helyszínen wetware